Este nuevo itinerario alteró el tráfico marítimo internacional y asestó  un duro golpe a Alejandría, que vivió tiempos oscuros tras la conquista de Egipto por los otomanos en 1517. Hacia 1650, el canal que la unía con el Nilo dejó de ser navegable por falta de mantenimiento y las arcas públicas estaban vacías porque los pachás desviaban el dinero de los impuestos a Estambul.

Cuando Napoleón llegó en 1798, Alejandría era un pueblo arruinado de 7.000 habitantes. La bahía de Abukir, a 25 km de la ciudad, fue escenario de la batalla naval entre Bonaparte y Nelson en su pugna por el control el Mediterráneo, que se saldó con la victoria inglesa y la expulsión de los franceses de Egipto. Los ingleses fueron a su vez expulsados en 1807 y comenzó para Alejandría una nueva época dorada.

El artífice de su recuperación fue Mehmet Alí (1769-1849), un albanés de Salónica que empezó de voluntario el ejército otomano en la batalla de Abukir y llegó a líder máximo de Egipto tras  ascender de forma meteórica y asesinar a los 400 líderes mamelucos a los que había invitado a una fiesta en su palacio. Admirador de Napoleón, una vez en el poder voló su estrategia política hacia el Mediterráneo, nacionalizó tierras y proyectó presas y planes de irrigación.

En Alejandría, donde instaló su residencia, mandó pavimentar las calles y encargó al ingeniero francés Pascal Coste la reparación el canal, que fue limpiado, reconectado con el Nilo y reabierto en 1821 para proveer de agua potable a la ciudad. Pronto aumentó el tráfico de barcos, así como la población de diversas procedencias, que pasó de 13.000 personas en 1821 a medio millón a finales XIX.

En el censo de 1907 había 359.911 egipcios, 25.393 griegos, 17.860 italianos, 10.658 ingleses y 8.556 franceses. A inicios de siglo XX se trazaron la Corniche y nuevos barrios a la Europa, en cuyas villas artdecó, neobizantinas o neoclásicas se instalaron los ricos alejandrinos, la mayoría extranjeros, que gozaban de un estatus especial, no pagaban impuestos y sólo rendían cuentas a sus consulados.